偏铝酸钠作为除硅剂，其原理主要是与硅酸根离子（SiO32-）发生反应，生成难溶性的硅酸铝（Al2SiO5）沉淀。这一反应过程可以有效去除水中的硅，提高水质的纯度。在实际应用中，偏铝酸钠通常与其他除硅药剂配合使用，以达到更佳的除硅效果。
此外，偏铝酸钠还具有调节水体pH值的作用，有助于创造更有利于除硅的化学环境。因此，在许多工业水处理过程中，偏铝酸钠被广泛应用于除硅环节。